İstanbul Üniversitesi - Edebiyat fakültesinde düzenlenen Cumhuriyetin 100. Yılında Genel Türk tarihçiliği konulu ve Prof. Dr. İsembike Togan tarafından yapılan sunum ise konunun uzmanları ve tarih bölümü öğrencileri tarafından ilgiyle takip edildi.     

Bolşevik İhtilâli'nden 22 gün sonra 29 Kasım 1917 tarihinde Başkurdistan ilinin özerkliği ilan edilmişti. Orenburg'u 18 Şubat 1918 tarihinde işgal eden Bolşevikler Zeki Velidi Togan’ı tutukladılarsa da 7 Haziran 1918 tarihinde Togan hapisten kaçtı. Başkurt hükûmeti kurulduğunda Togan, harbiye nazırı oldu. Bundan sonra Lenin ve Stalin ile defalarca görüştü fakat olumlu sonuç alamayınca Türkistan'a çekilip orada mücadeleye devam etme kararını vermişti. 

Türkistan Millî Özerk Hükûmetinin bastırılmasından sonraki Basmacı Hareketi'nin içinde bulundu.  1920-23 yıllarında Türkistan'da amansız bir mücadeleye giriştiyse de başarılı olamadı. Türkistan’daki mücadele Rusların büyük askeri hamleleriyle sona ermek üzereyken 21 Şubat 1923’te İran’a geçmişti.  

20 Mayıs 1925 tarihinde geldiği Türkiye'de, Maarif Vekâleti Telif ve Tercüme Encümenine tayin edilmiştir. O zamanki Ankara'nın kitap açısından yetersiz olması yüzünden kendi isteği ile İstanbul Darülfünunu Türk Tarihi Müderris Muavinliği ‘ne tayin edilmişti.